廣東省公共衛(wèi)生研究院建立快速污水新冠病毒測(cè)序分型方法
當(dāng)前,,如何精準(zhǔn)、快速掌握人群中新冠病毒的動(dòng)態(tài)分布與流行特征,,及時(shí)發(fā)現(xiàn)病毒新的變異型別及重要變異位點(diǎn)是新冠疫情預(yù)測(cè)預(yù)警與防控工作的重點(diǎn),。相關(guān)研究已證實(shí)新冠病毒可經(jīng)消化道排出,通過(guò)監(jiān)測(cè)城市污水中新冠病毒的濃度與型別,,有助于及早發(fā)現(xiàn)新變異株,,有效反映新冠病毒在人群中的動(dòng)態(tài)分布與流行特征;更能與臨床監(jiān)測(cè)互補(bǔ),,了解不同基因型在重癥病例及普通人群中的分布差異,。
廣東省公共衛(wèi)生研究院自2013年起開(kāi)展城市污水諾如病毒不同基因型監(jiān)測(cè),已有效證明通過(guò)污水監(jiān)測(cè)可提前發(fā)現(xiàn)新的諾如病毒基因型別,,并通過(guò)其在水中的豐度變化進(jìn)行預(yù)警,,有關(guān)論文已發(fā)表在國(guó)際期刊(LuJ etal., Water Research, 2021)?;谇捌诠ぷ骰A(chǔ),,我院進(jìn)一步完成污水新冠病毒監(jiān)測(cè)全流程解決方案,并將復(fù)雜的污水病毒濃縮富集步驟自動(dòng)化,。該方案有以下特點(diǎn):一是為適應(yīng)污水病毒基因組碎片化的特點(diǎn),,建立靶向擴(kuò)增片段為250-300bp的多重PCR擴(kuò)增方法,,通過(guò)MiniSeq進(jìn)行PE150測(cè)序,,同時(shí)部署分析流程到本地IPH-Nano分析軟件,后期將進(jìn)一步在云端部署,。二是可在10小時(shí)內(nèi)完成12份污水新冠病毒的濃縮富集,、核酸提取、序列擴(kuò)增與高通量測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建,。三是滿足30小時(shí)完成從污水樣本到新冠病毒分析報(bào)告全流程操作,,為后期開(kāi)展污水的新冠病毒監(jiān)測(cè)工作提供重要的技術(shù)支撐。
我院計(jì)劃于2023年上半年面向全省開(kāi)展相關(guān)技術(shù)培訓(xùn)班,,詳情請(qǐng)留意我院官方發(fā)布,。
圖1. 測(cè)試7份不同污水樣本Ct值
圖2. 基于多重PCR擴(kuò)增后測(cè)序,各樣本的基因組覆蓋度,。除sampleF樣本(超過(guò)熒光定量PCR檢測(cè)限)外,,其他樣本都獲得較高測(cè)序覆蓋度(82%-96%)。
圖3. 不同樣本的新冠病毒基因型分布及豐度變化,。